Персонализированная терапия рака основывается на индивидуальных молекулярных особенностях опухоли. РНК-секвенирование позволяет выявить в ней сверхэкспрессированные белки-мишени. Молекулярное моделирование помогает подобрать высокоаффинные ингибиторы ключевых белков-мишеней для таргетного воздействия на опухолевые клетки конкретного пациента. Иммуногистохимический анализ биоптатов опухоли с антителами к выявленным белкам-мишеням и инкубация культуры клеток опухоли с ингибиторами, выбранными путем молекулярного моделирования, применяют для прогнозирования эффективности лечения.
Цель исследования: применение персональной стратегии лечения злокачественных опухолей на основе интеграции их РНК-секвенирования и теоретического анализа высокоаффинных ингибиторов ключевых белков-мишеней.
Задачи: РНК-секвенирование опухолевых образцов для выявления сверхэкспрессируемых белков-мишеней, построение их 3D-структур и подборка потенциальных ингибиторов, их молекулярный докинг и ранжирование по аффинности, оценка отобранных соединений по специфичности и потенциальной токсичности, разработка индивидуальных терапевтических схем на основе выбранных новых таргетных препаратов.
Материалы и методы: РНК-секвенирование (FastQC, STAR, DESeq2), идентификация мишеней, дифферециальная экспрессия (онкологические базы данных), моделирование (AlphaFold, l-TASSER), докинг (AutoDock Vina, PyRx), визуализация (LigPlot+, PLIP), антитела для иммуногистохимических исследований- к PKR, EIF2A, PKN2, hnRNPA2B1, SULT1C2,m6A, KRT15, Sendai virus, CD8+, Granzyme, Perforin, культуры клеток опухоли Bellini, саркомы матки и немелкоклеточного рака легкого.
Результаты: Персонализированная терапия на основе интеграции РНК-секвенирования опухолей и теоретического моделирования ингибиторов ключевых онкобелковмишеней на примере пациентов с распространенным метастатическим раком собирательных трубочек почек (карцинома Беллини), саркомой матки и немелкоклеточным раком легкого приводила к развитию клинической ремиссии с отсутствием прогрессирования заболевания в течение от 2 мес до 2 лет.
Вывод: Персонализованное лечение рака на основе интеграции РНК-секвенирования опухолей и теоретического моделирования ключевых онкобелков-мишеней- перспективное направление современной инновационной медицины

Персонализированная терапия рака, основанная на выявлении сверхэкспрессивных белков-мишеней опухоли конкретного пациента, позволяет достоверно подобрать ингибиторы онкобелков, остановить процесс развития опухоли и перевести онкологическое заболевание в длительную ремиссию с использованием низко токсичных препаратов. Препараты подбираются индивидуально, наиболее эффективные для данного вида опухоли, из списка зарегистрированных препаратов, на основе полученных данных РНК-секвенирования и проведенного молекулярного докинга.